インボイス制度導入から3年！2割特例廃止と経過措置改正でこの先どうすればよいのか
目次
2026年9月で消費税の「2割特例」は終了
インボイス制度が始まった2023年10月から約3年が経ちます。
未だに、「インボイスは面倒なので廃止せよ」との声が小規模事業者からは上がりますが、経済的には、さほど大きな影響は出ていません。
その要因の一つとしては、インボイス登録をした免税事業者に対する「2割特例」と免税事業者のままでも相手先が一定割合の控除が可能な「経過措置」のおかげかもしれません。
この2割特例、2026年9月30日をもって終了します。一方で、「経過措置」については、当初よりも緩やかに控除割合の縮減がされるようになりました。
そこで、今回は、2割特例の終了と経過措置改正後に何が変わるのかを、法人・個人事業主それぞれの立場から整理します。
「3割特例」は個人事業主のみ。法人には使えない
「2割特例」とは、免税事業者であった者がインボイスの発行できる適格請求書発行事業者（適格事業者）になる登録をした場合、消費税の納付額を売上に伴い受け取った消費税額の2割としてもよいという簡便計算が認められるものです。
この2割特例は、2026年9月をもって廃止されます。
しかし、この2割特例の後継として、「3割特例」が新設されました。
つまり、これまで2割特例を受けられた事業者は、消費税の納付額を売上に伴い受け取った消費税額の3割としてもよいという簡便計算が認められるものです。
ここで重要な落とし穴があります。
3割特例の対象は個人事業主のみです。法人は対象外なのです。
なお、個人事業主であっても、基準期間（前々年）の課税売上高が1,000万円を超える場合も対象外となります。
この3割特例の適用期間は、2027年分（令和9年分）と2028年分（令和10年分）の2年間のみ。
事前の届出は不要で、確定申告書に適用する旨を記載するだけで使えます。
法人は決算月で2割特例の終了時期が変わる
2割特例の適用期間は、「2026年9月30日を含む課税期間まで」です。
個人事業主は暦年なので一律2026年12月までですが、法人は決算月次第で最終適用期間の長さが変わります。
9月決算法人（10月〜翌9月）の場合、2026年9月30日を含む事業年度は2025年10月〜2026年9月期です。
2026年10月から開始する課税期間からは2割特例が使えなくなります。
一方、3月決算法人（4月〜翌3月）の場合、2026年9月30日を含む事業年度は2026年4月〜2027年3月期です。この事業年度全体に2割特例が適用されるため、2027年3月までその恩恵を受けられます。
そうなれば「決算期を8月に変更をすることで2割特例の適用期間を2027年7月まで延ばせるのではないか」との声も聞こえてきます。
結論は、そのとおりでありますが、その分、短期での決算について、余計な申告のコストも掛かることもあるでしょう。
税理士としては、特定の月に申告が重なるのはしんどいので、「おい、余計なことを言わないでくれ」というのが本音です。
特例が使えなくなった場合の選択肢と届出期限
法人や課税売上高1,000万円超の個人事業主は、2割特例の終了後、原則課税か簡易課税のどちらかを選ぶことになります。
原則課税は、売上にかかる消費税から仕入・経費にかかる消費税を差し引いて納税額を計算する方法です。
仕入や外注費が多い業種では有利になりやすい一方、帳簿管理が複雑になります。
簡易課税は、業種ごとのみなし仕入率を使って計算する方法で、事務負担が軽減されます。
みなし仕入率は第一種（卸売業・90%）から第六種（不動産業・40%）まで業種によって異なります。
注意が必要なのは届出期限です。簡易課税を選ぶ場合、「消費税簡易課税制度選択届出書」を適用したい課税期間の前日までに提出しなければなりません。
ただし、2026年度改正で届出期限の特例が新設されました。
2割特例または3割特例を適用した直後の課税期間については、その課税期間の確定申告期限（法人なら事業年度終了の2ヶ月後、個人事業主なら翌年3月31日）までに届出書を提出すれば、その課税期間から簡易課税を適用できます。
つまり、課税期間が終わった後に実際の売上・経費の数字を見てから、原則課税と簡易課税のどちらが有利かを判断したうえで選択できるようになったわけです。
免税事業者との取引の経過措置も改正に
2割特例の廃止ないし、3割特例への改正は、インボイスを発行する適格事業者に対するものです。
インボイスは、適格事業者にならない免税事業者が、仕事から排除されないよう、「経過措置」というものも用意されています。
この経過措置は、インボイスの発行できない免税事業者からの仕入れ等についてもその仕入税額控除相当額について一定割合の控除を認めた上で、その控除割合を徐々に減らしていくというものでした。
具体的には、当初予定されていた控除割合は以下のとおりです。
2026年9月30日まで：80%
2029年9月30日まで：50%
2029年10月1日以降：控除なし
しかし、免税事業者については、まだ保護が必要との考えからその控除できる割合は以下のように引き下げられたのです。
2026年9月30日まで：80%
2028年9月30日まで：70%
2030年9月30日まで：50%
2031年9月30日まで：30%
2031年10月1日以降：控除なし
なお、2026年度改正により、同一の免税事業者からの年間仕入額が1億円を超える場合、超えた分については控除が認められない上限規制も新設されています。
免税事業者は「登録する」か「このまま」か
では、2026年10月以降は、「これ機会に課税事業者になったほうがいいか」
免税事業者と取引をする買い手としての課税事業者の顧問を多くさせていただく側からすると、「いい加減、適格事業者に登録してよ」というのが本音です。
やはり、免税事業者との取引を区別して管理をするというのは、非常に大きな手間を生じます。
とはいえ、これまで取引をしていた外注先などに対して、わざわざ、新しいところを探すのも面倒との理由で、そのままの条件で取引をしているケースは多いでしょう。
その点からすれば、わざわざインボイスの登録をする適格事業者になるなどせず、このまま免税事業者でいたほうが良いということになります。
しかし、新規の仕事となると、同じ条件で同じような力量の事業者の中から選択をするとなれば、まず間違いなくインボイスの登録をした適格事業者を選択するはずです。
その上、免税事業者であっても、仕入税額相当額の8割も控除ができるのであれば、これまでの取引条件でも致し方がないとされていたものも、その控除割合が徐々に減らされるとなれば、さすがに取引条件の変更を求められることになるかもしれません。
簡易課税であれば、仕入れについてのインボイスの保存義務などもありませんし、税負担も本来の負担よりは軽減されることも多いのですから、そろそろ適格事業者になることを選択してもよいのではないでしょうか。
9割の人が間違えている「会社のお金」無料講座公開中
「生命保険なら積金より負担なく退職金の準備が可能」
「借金するより自己資金で投資をするほうが安全」
「人件費は売上高に関係なく発生する固定費」
「税務調査で何も指摘されないのが良い税理士」
すべて間違い。それじゃお金は残らない。
これ以上損をしたくないなら、正しい「お金の鉄則」を
